В марте 1943 года ГШПД был упразднён, но через месяц, 17 апреля, Постановлением ГКО СССР № 3195сс его вновь восстановили при Ставке ВГК. Из подчинения ГШПД был выведен Украинский штаб партизанского движения. 13 января 1944 года, учитывая, что большинство партизанских отрядов действуют на территории Украинской и Белорусской ССР, которые имеют свои штабы партизанского движения, ГКО СССР решением № 4945сс окончательно расформировал ГШПД.
Тем же решением ГКО передал руководство партизанским движением на ещё оккупированной территории ЦК Компартий республик: УССР, БССР, ЭССР, ЛатССР, ЛитССР, МССР, Карело-Финской ССР и Крымской АССР и обкомам Ленинградской и Калининской областей.
На ГШПД возлагалась задача руководства партизанским движением, дезорганизации тыла противника, а именно:
— разрушение коммуникационных линий противника (подрыв мостов, порча железнодорожных путей, устройство крушений поездов, нападение на автомобильный и гужевой транспорт противника);
— разрушение линий связи (телефон, телеграф, радиостанции);
— уничтожение складов боеприпасов, снаряжения, горючего и продовольствия;
— нападение на штабы и другие войсковые учреждения в тылу противника;
— уничтожение материальной части на аэродромах противника;
— осведомление частей РККА о расположении, численности и передвижениях войск противника.