В настоящее время основным назначением Управления «В» ЦСН ФСБ России является проведение контртеррористических операций на стратегических объектах и предприятиях повышенной экологической опасности.
Кроме того, в сферу ответственности управления «В» входит пресечение террористических акций в отношении российских граждан и учреждений за рубежом, участие в мероприятиях по защите конституционного строя Российской Федерации и борьба с проявлениями международного терроризма.