Борьба органов СМЕРШ со шпионской, диверсионной и террористической деятельностью спецслужб фашистской Германии осуществлялась во время подготовки Курской битвы, в период оборонительного сражения и в ходе контрнаступления советских войск.
В частности, были обезврежены 6 фашистских разведывательно-диверсионных групп, готовивших террористический акт против командующего Центральным фронтом Рокоссовского и его штаба в районе города Свобода Курской области. Сотрудниками отдела СМЕРШ по 140-й стрелковой дивизии 70-й армии был предотвращен захват командира дивизии генерал-майора Киселева в районе населённого пункта Гнилица.
Всего в период Курской битвы органами СМЕРШ Западного, Брянского, Центрального, Воронежского и Степного фронтов было задержано и разоблачено около 220 агентов фашистских спецслужб и более 450 их пособников.
Действовавшая в тылу немецко-фашистских войск оперативная группа УНКГБ по Курской области «Сосна», сумев завербовать несколько надежных агентов среди личного состава карательного батальона РОА, вынудила предателей перейти с оружием на сторону партизан. Не менее удачно действовала в тылу фашистов юго-западнее Кричева оперативная группа УНКГБ по Брянской области «Береза». На ее счету несколько диверсий на прифронтовых объектах и добытая ценная информация об оперативных резервах немецко-фашистских войск.
Вместе с тем СМЕРШ выполнял функцию тайной полиции в войсках, в каждом соединении имелся свой особист, который вёл дела на солдат и офицеров, имеющих проблемные биографии, и вербовал агентуру.
В результате оперативно-разыскной деятельности органов контрразведки СМЕРШ за период с мая 1943 по август 1944 года в войсках НКВД и их окружении были выявлены: 293 изменника Родине, 100 подозреваемых в шпионаже, 76 пособников немецких оккупантов, 356 дезертиров, 58 человек, вынашивающих террористические намерения.
Точное число неблагонадежных элементов, выявленных в обычных частях, до сих пор неизвестно, поскольку многие аресты проводились без санкции от командования фронта и не протоколировались.